制備抗體時抗原的選擇

    制備抗體時抗原的選擇堪稱免疫學實驗設計的基石，其重要性猶如建筑之根基，直接決定著抗體的特異性、親和力與應用價值。理想的抗原應當如同精密的分子鑰匙，既能精準激發(fā)機體的免疫應答，又能確保產(chǎn)生的抗體對目標表位具有高度選擇性。

   在蛋白質抗原的篩選中，需重點考量其結構完整性與免疫原性。全長蛋白往往含有構象表位，宛若立體拼圖的三維結構，能誘導產(chǎn)生識別天然構象的抗體；而合成多肽則像特制的分子探針，適用于線性表位的靶向制備。糖基化等翻譯后修飾猶如蛋白質的"化學裝飾"，若與生理功能相關，則必須優(yōu)先選擇具有天然修飾的抗原。

設計抗原時，對抗原的結構分析、B細胞表位預測尤其重要。

1. 抗原的結構分析

不同的蛋白類型，選擇的方法需要多樣性。大部分情況下，蛋白C端的親水性、表面可及性和柔性都相對N端較好。蛋白的二級結構也是預測B細胞表位重要參數(shù)之一，β轉角為凸出結構，多出現(xiàn)在蛋白質抗原表面，有利于與抗體結合，較可能成為抗原表位。而α螺旋和β折疊結構規(guī)則不易變形，較難結合抗體，一般不作為抗原表位。含有5個以上的氨基酸殘基的轉角又常稱為環(huán)(loop)。以往的研究表明，蛋白表面的loop區(qū)可能為功能性抗體的識別位點，特異性好，可及性強。

2. B細胞表位預測的方法及應用

線性表位的預測方法： B細胞表位的預測方法主要集中于線性表位，大量的預測B細胞表位的算法都是基于蛋白質序列。這些算法包括：蛋白質的親水性算法、可及性算法、蛋白質可塑性算法、蛋白質二級結構預測算法、蛋白質抗原性算法。這些方法的代表軟件有PEOPLE、PREDITOP、BEPITOPE、Bcepred、ABCpred、BepiPred、APP等。

構象表位的預測方法：絕大多數(shù)B細胞表位預測方法都是基于蛋白質的一級或二級結構的，但這些方法只能用來預測由連續(xù)的氨基酸殘基構成的線性表位，而基于蛋白質的三級結構來預測構象表位的方法比較少，這是因為各種抗原的構象表位可獲得的數(shù)據(jù)要遠遠少于線性表位。

基于蛋白質三級結構來預測構象表位的方法CEP：這是**個以抗原蛋白的三級結構PDB文件作為輸入條件，以構象性表位預測為主要目的的網(wǎng)上免費服務軟件。由于抗原抗體之間的相互作用屬于蛋白質與蛋白質之間相互作用中的一種，因此，可以參這些方法來預測B細胞表位。

3. 抗原的表達系統(tǒng)的選擇

通過對抗原的結構和B細胞表位分析預測后，然后再結合抗體的使用要求，進行選擇適當?shù)膮^(qū)間以及表達系統(tǒng)進行抗原表達純化。

針對于簡單的應用WB\IHC\IF\IP這類的檢測應用型的抗體，我們推薦的是蛋白的成熟的非跨膜區(qū)間，表達系統(tǒng)可以選擇大腸、酵母這種成功率高、經(jīng)濟成本相對于較低的蛋白表達系統(tǒng)，抗體的類型可以選擇多抗和單抗。同時，這類型的抗體還可以選擇直接合成多肽偶聯(lián)載體后作為抗原，進行免疫動物。

如果是正對與IF、FC、細胞、抗體結合等實驗的話，我們推薦的蛋白是全長的或者成熟的跨膜和非跨膜區(qū)間，表達系統(tǒng)主要選擇無細胞、哺乳、酵母這類具有蛋白活性或者能表達出全長的表達系統(tǒng)進行表達蛋白，對應的抗體類型主要選擇單抗和基因工程抗體。